你想问的应该是《海贼王》里草帽一伙第一次真正意义上的“全员分开”，对应的是：

• 动画：第405集左右开始（香波地群岛篇，路飞一拳打飞天龙人后，海军大将黄猿登场，草帽一伙被熊逐个拍飞）
• 更准确地说是第405～408集：第405集是事件导火索，第406～408集是伙伴们陆续被巴索罗米·熊拍飞到世界各地，全员被迫分开。
• 漫画：对应第502～513话左右。

如果你问的是“路飞和伙伴们分开去修行两年”，那是：

• 动画第516～517集（路飞敲钟16下，约定两年后重逢）
• 漫画第597～598话

• 第一次全员被迫分开：动画第405集开始
• 约定两年后重聚的分开：动画第516集左右